Pada tahun 1997 beberapa tokoh masyarakat Maliku Baru antara lain Bapak Lukman L. Chaniago, Bapak H. Darlan (alm), Bapak Ahmad Zein (alm), Bapak Kasbi Harsono, Bapak Ach. Nasuha, Bapak H. Abdul Hadi, Bapak Surip Sunarto, dan tokoh masyarakat lainnya membentuk sebuah lembaga pendidkan Islam setingkat Madrasah Aliyah yang diberi nama Madrasah Aliyah Al-Muhajirin Maliku yang bernaung dibawah Yayasan Pendidikan Islam (YPI) Al-Muhajirin. Pada saat itu Madrasah Aliyah Al-Muhajirin Maliku sudah diakui dengan menginduk pada MAN Selat Kuala Kapuas. Bapak Ahmad Zein (Alm) merupakan Kepala Madrasah pada periode 1998/1999 kemudian dilanjutkan oleh Bapak Syaifuddin Noor pada periode 1998-2001 dan selanjutnya Bapak Marsono pada periode 2001-2003.
Pada tahun 2003 terbit SK Penegerian yang ditetapkan dalam KMA Nomor 558 Tahun 2003 tanggal 3 Desember tentang perubahan status Madrasah Aliyah Al-Muhajirin Maliku menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Maliku dengan Kepala Madrasah Bapak Drs. H. Suriansah, M.Pd.I hingga tahun 2010. Kemudian dilanjutkan oleh Paryoto, M.Pd.I sampai tahun 2021, kemudian digantikan kembali oleh Drs. H. Suriansah, M.Pd.I hingga sekarang.